В целях НДФЛ средний заработок за время командировки — это оплата труда, которую надо признавать доходом в последний день месяца начисления. Но при увольнении до конца месяца зарплата и другие выплаты в пользу сотрудника становятся доходом в последний день работы.
Поэтому при доплате бывшему сотруднику к среднему заработку за время командировки датой получения дохода тоже будет последний день работы. А датой удержания налога — день перечисления денег.